Everyone is here. は、関係する人が全員その場所にいると伝える表現です。
会議の参加者、授業の生徒、旅行の同行者など、会話で分かっている集団を指します。
世界中の全員という意味ではなく、その場で数えている範囲の「みんな」です。
everyoneは「全員」を表しますが、文法上は単数として扱います。
そのため、現在ならareではなくisを使います。
基本文はEveryone is here.です。
today、now、alreadyなどを加えて、時点をはっきりさせることもできます。
過去ならEveryone was here.、確認するならIs everyone here?です。
一部の人がまだ来ていないならNot everyone is here yet.を使います。
Everyone is not here.は「全員がいない」と「全員ではない」が曖昧になりやすいため、初心者はNot everyone ...を選ぶと安全です。
CambridgeとBritish Councilでは、everyoneを単数動詞とともに使う不定代名詞として説明しています。